土木工程系是学院重点建设系部、也是目前学院最大的系。现开设了建筑工程技术、建设工程管理、工程造价等三个专业，其中建筑工程技术专业是安徽省高职高专特色专业。
本系专业教师从合肥工业大学在职教师、离退休教师中聘用，大部分教师具有副教授以上职称，教学经验丰富。
    本系拥有力学实验室、建材试验室、测量实训室、建筑CAD培训中心、水力学试验室、土力学试验室、建筑结构试验室等实验实训基地7个。
    近年来，本系学生在省级测绘比赛中取得了优异的成绩。2016年3月，在安徽省高职院校技能大赛测绘项目比赛中，本系学生一等奖2项、二等奖3项和三等奖5项，团体总分全省高职院校第二名。
    本系始终坚持以建筑企业对人才的需求为导向，不断提升专业内涵，加强对学生实际动手能力、职业技能的培养，近几年来毕业生就业率均在95%以上。

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